JAKARTA - Duo dari agen senior Men in Black (MIB) bersama agen amatir yang baru saja menerima tugas pertamanya, bersatu melawan serangan alien berspesies maut bernama Hive, yang dapat mengubah wujud mereka seperti layaknya manusia, dan mengancam baik organisasi tersebut maupun dunia.

Agen H (Chris Hemsworth) adalah seorang agen senior di organisasi MIB. Dengan banyaknya pengalaman berhadapan dengan para alien, membuat Agen H menjadi salah satu agen unggulan di sana.

Sedangkan rekannya, Agen M (Tessa Thompson) merupakan agen yang baru saja menjalani masa magang di MIB dan mendapatkan misi pertamanya di luar New York bersama Agen H, agar ia segera lolos dari masa percobaannya tersebut.

Petualangan Agen M dimulai tak lama sesudah Agen O (Emma Thompson) melihat perkembangan pesat Agen M di masa training, dan mengirimnya ke kantor cabang MIB di London, Inggris, dan mempertemukannya dengan Agen H.

Agen H yang sudah senior rupanya dapat diimbangi oleh kecerdasan Agen M yang masih baru. Banyak ide segar yang dilakukan pasangan ini untuk mencegah Hive memasuki portal angkasa luar dengan bumi.